磐諾氣相色譜儀檢測器操作過程中，鑒定器有時受固定相散失及樣品中的高沸點因素、易分解及腐蝕性物質的作用而被沾污，甚至不能正常進行任務，因此提出了如何清洗鑒定器的問題。
若沾污的物質僅限于高沸點成分，通常可將鑒定器加熱至高使用溫度后，再通入載氣，就可清除。使用有放射源的鑒定器時加熱要多加小心，例如通常以氚源作成的電子捕獲鑒定器一般都不能超過200度，此外還應注意加熱的溫度不能損壞鑒定器的絕緣材料。
如用加熱法不適宜，也可以用純的丙酮等溶液從進樣口注入（每次可注入幾十微升）進行清洗，這在沾污程度較輕時是有效的。
若以上方法都不能解決沾污問題，應將鑒定器卸下進行較徹底的清洗，先選擇適宜溶劑，要既能溶解沾污物又不能損壞鑒定器，用注射器注入測量池進行清洗。
若有條件，用超生波清洗就更現實些，要注意的是：清洗的部分不能用手摸。
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